Каменные церкви в те времена обычно строились в монастырях, и тот Васильевский храм, возможно, был построен в уже существовавшем монастыре. Часто случалось, что на месте каменного храма ранее стоял деревянный, и, возможно, сначала он и был приходским, а позднее, после открытия монастыря, перестроен в более дорогом и долговечном материале. Известно также, что в середине XVI века в монастыре бытовали собственные рукописные книги. Позднее небольшая монастырская библиотека пополнилась ценными списками из Валаамского монастыря. Их принесла с собой братия, спасаясь от нападения шведов в Смутное время.
Васильевский монастырь во время шведской оккупации тоже пострадал. Храмы не действовали, были «разорены от немецких людей, и образов и церковного строения нет». В материалах переписи 1620 года в нём значится единственная келья, в которой живут строитель Сильвестр и 8 человек валаамских старцев. Единственная каменная церковь в 1620 году стояла «осыпавшейся». Полагаем, это и был наш белокаменный храм.
Ко второй половине того же века он обветшал настолько, что его были вынуждены разобрать, а на фундаменте в 1684-1686 годах на средства воеводы Тихона Бестужева возвести новый храм Св. Василия Кесарийского с трапезной, крыльцом у западного фасада и небольшим приделом на южной стороне. Этот храм существует до сих пор. Но выглядит значительно старше своих лет, как будто впитал в себя образы своих предшественников. Вероятно, строители, пытались воссоздать архитектуру ранее существовавшей на этом месте церкви, ее планировку и облик в облике храма XVII века. Даже не верится, что он такой молодой для этих-то мест!
Но вычитали на тематических форумах, что дату возведения каменной церкви подтвердил дендроанализ спила конькового бревна трапезной палаты, сделанный в лаборатории Института археологии РАН. Приходится верить и одновременно не верить глазам своим.
Храм Василия Кесарийского имеет очень простое архитектурное решение: одноапсидная бесстолпная церковь. У главный входа - трапезная с небольшим крыльцом. Длина храма по оси восток-запад около 17 метров, с севера на юг - 14,5 метров. Крошечный. Читается в нём что-то новгородское. И в то же время виденное нами на Русском Севере, что-то клетского типа, совсем не характерное для XVII века, особенно для второй его половины.
Стены сложены из местного грубо обработанного известняка, только арки сводов и барабан выложены из кирпича, а сверху нанесен тонкий слой обмазки. При незначительных размерах храма бросается в глаза толщина его стен - от полутора до трех метров, а кладка местами неровная и стены кривоваты.
Интересна история и второй монастырской церкви. В 1684 году деревянная Благовещенская церковь была разобрана и перенесена в качестве придела во вновь отстроенную церковь Василия Кесарийского. В том же 1684 году была возведена новая деревянная церковь Преображения Господня. А в 1857 году эта Преображенская церковь была перевезена на Валаам в память о том времени, когда валаамские монахи нашли приют в Васильевской обители.